Cubaseの設定フォルダ

Cubase含めアプリケーションの設定フォルダはWindows 7になってからAppDataになったと思うのですが、少し前からApplication Dataになってしまいました。
AppDataフォルダがある階層にApplication Dataがあり、ここに置いてある設定が適用されるようです。
Cubaseの設定が戻ったとき、バグでたまに初期設定に戻るのでバックアップから設定を持ってきたのですが、何故か適用されない…。。
何故だ〜とあれこれ調べてみると、何故かApplication Dataフォルダがあり、そちらを参照しているようでした。
Cubaseでの現象ですが、多分他のアプリケーションも影響していると思います。
ただ音楽制作用のPCということであまり他のアプリケーションはインストールしていないので、Cubaseでしか確認出来てません。
多分、例のインテルの件でWindowsを復元したあたりから変わったような気がします。
ネット検索してみても同じ例は見つかりませんし、不思議な現象であります。

CUBASE6 アカデミック版Steinberg　輸入版